Para garantizar que la CAQ se aplique de forma efectiva, los Estados Partes están obligados a designar o crear una “Autoridad Nacional”. Este órgano acompaña a los inspectores de la OPAQ en los complejos industriales o militares pertinentes; presenta declaraciones iniciales y anuales; ayuda y protege a los Estados Partes que son objeto de amenazas de ataques químicos, o han sufrido este tipo de ataques; y fomenta el uso pacífico de la química. Asimismo, la Autoridad Nacional actúa como punto de enlace cuando los Estados Partes interactúan con otros Estados Partes y con la Secretaría Técnica de la OPAQ.

La Secretaría presta apoyo a los Estados Partes en la aplicación de la Convención a nivel nacional. Con ello, se busca principalmente asesorar y prestar asistencia al personal de las Autoridades Nacionales, para que puedan acrecentar su capacitación y conocimientos especializados, y facilitar así que la aplicación nacional sea eficaz y funcione de forma autónoma. La Secretaría Técnica coordina y organiza reuniones periódicas de las Autoridades Nacionales de todo el mundo. Existen además compendios formativos en CD-ROM, en DVD y en Internet sobre la aplicación de la CAQ.

Todos los Estados Partes deben poner en práctica, a nivel nacional, las disposiciones previstas en la CAQ. Ello incluye la promulgación de legislación en el ámbito penal con tipificación de las actividades prohibidas. En este sentido, los Estados Partes tienen la obligación de cooperar entre sí al máximo para agilizar las acciones judiciales pertinentes. Los expertos jurídicos han creado redes regionales para facilitar la adopción de legislación nacional que prohíba y penalice el uso indebido de las sustancias químicas como armas.