La Convention prévoit également la création de trois organes subsidiaires, chargés d'assister dans leurs tâches les trois organes principaux de l'OIAC : le Conseil scientifique consultatif, l'Organe consultatif sur les questions administratives et financières, ainsi que la Commission de la confidentialité.

Le Conseil scientifique consultatif est un groupe d'experts indépendants chargés d'évaluer les innovations scientifiques et techniques pertinentes et d'en rendre compte au Directeur général. Par ailleurs, il dispense des avis d'experts sur toute proposition de modification des tableaux de produits chimiques et tout autre avis qui se révélerait nécessaire, notamment sur des questions telles que la méthodologie et le matériel de vérification.

En tant qu'organe subsidiaire de la Conférence des États parties, la Commission de la confidentialité a pour principale fonction de régler les litiges éventuels entre les États parties en matière de confidentialité.

L'Organe consultatif sur les questions administratives et financières se réunit régulièrement pour conseiller le Secrétariat technique et les États parties sur des questions liées aux budgets-programmes de l'OIAC. Il examine les projets de budget que le Secrétariat technique établit, avant leur présentation au Conseil et à la Conférence pour approbation.